A legislação vigente prevê que o repasse de recursos do programa pode ser suspenso em três situações: quando houver inadimplência na prestação de contas do programa referente a qualquer exercício; se for constatada a utilização de recursos em desacordo com as normas do programa; ou em caso de determinação judicial.
Aqueles que não regularizarem as pendências até 31 de outubro podem ficar sem as parcelas que deixaram de receber este ano por conta da inadimplência. Esses recursos são considerados essenciais pelo governo para a manutenção da frota escolar e para o pagamento de serviço terceirizado de transporte dos estudantes.
O Programa Nacional de Apoio ao Transporte Escolar foi criado em 2004 com o objetivo de apoiar o transporte de estudantes da rede pública de educação básica que residem em áreas rurais. Ele oferece assistência técnica e financeira, em caráter suplementar, a estados, municípios e Distrito Federal.
Os recursos podem ser utilizados em diversas despesas de manutenção dos veículos escolares, como serviços de mecânica, recuperação de assentos e aquisição de pneus e câmaras. Também podem ser direcionados para a compra de combustível, pagamento de seguro, licenciamento e taxas, além da contratação de serviço terceirizado de transporte dos estudantes.
A transferência dos recursos é automática, dispensando a necessidade de convênio, e os valores são transferidos em dez parcelas anuais. O cálculo do montante destinado aos entes federados considera o número de alunos residentes em áreas rurais que necessitam de transporte escolar em cada localidade, de acordo com o censo escolar do ano anterior.