Esses problemas decorreram da falta de controle nos ressarcimentos às farmácias credenciadas, já que a fiscalização ocorre de forma manual e à distância na maioria dos casos. A falta de controle permitiu que a distribuição fosse feita a pacientes falecidos, revelando um desperdício de recursos públicos e fraude por parte dos particulares ou dos próprios estabelecimentos.
A auditoria da CGU cruzou o Cadastro de Pessoas Físicas (CPF) do paciente com autorizações emitidas pelo Ministério da Saúde e informações de sistemas de registro civil e de óbitos para identificar a distribuição a pacientes falecidos.
Além disso, a auditoria constatou que 18,5% dos R$ 13,8 bilhões desembolsados pelo Farmácia Popular foram gastos com medicamentos sem nota fiscal. A investigação analisou 362 milhões de registros de venda, dos quais 17,4% não estavam cobertos por estoque de medicamentos amparados em documentação fiscal.
Para realizar a fiscalização, foram realizadas amostragens em farmácias e drogarias credenciadas em cinco estados. Foi constatado que esse método de fiscalização por meio de amostragens e análise das notas fiscais eletrônicas da Receita Federal é mais eficaz que o procedimento tradicional de verificação mensal consolidada.
A CGU recomendou a elaboração de um plano de tratamento de risco, o descredenciamento de estabelecimentos que não comprovem as vendas com nota fiscal, aprimoramento de mecanismos de controle que atestem a presença do beneficiário final no ponto de venda e medidas para recuperação dos recursos pagos indevidamente. Recomendou também o uso do sistema Sentinela para reforçar os controles de primeira linha de defesa.
Fraudes no Programa Farmácia Popular não são incomuns e têm sido reprimidas pelo governo. A Polícia Federal realizou ações contra acusados de vendas fictícias de medicamentos em diferentes estados e as investigações continuam. O Ministério da Saúde informou que avaliará o resultado e as recomendações da auditoria da CGU.