O acervo da Funai inclui todos os documentos e itens produzidos e recebidos ao longo dos 56 anos de existência da instituição, além do patrimônio cultural e documental proveniente dos órgãos que lhe deram origem, como os fundos Comissão Rondon (1890-1935), Conselho Nacional de Proteção aos Índios (1939-1967), Fundação Brasil Central (1943-1967) e Serviço de Proteção aos Índios (1910-1967). Além disso, a Funai também incorpora conjuntos documentais adquiridos no âmbito do Programa de Documentação de Línguas e Culturas (Funai/Unesco), mantidos no Museu do Índio, no Rio de Janeiro.
Segundo as normas estabelecidas, o acesso aos serviços de arquivo da Funai é livre e gratuito para qualquer usuário, tanto nacional quanto estrangeiro. A solicitação de pesquisa e acesso às informações ocorrem principalmente por meio digital, sendo possível a solicitação por formulário de papel protocolado em qualquer unidade da Funai, para encaminhamento ao serviço de arquivo, em Brasília.
Os usuários podem efetuar a pesquisa à base de dados tanto por conta própria, no caso de documentos públicos, quanto por solicitação à instituição, no caso de documentos ou itens restritos. O prazo para resposta é de 20 dias úteis, podendo ser prorrogado por até três vezes, a depender da complexidade e extensão da pesquisa.
No que diz respeito à reprodução de documentos digitais, será feita por meio de um link com acesso por dois meses, após assinatura e envio de um Termo de Acesso e Responsabilidade. Para reprodução em papel, serão cobrados custos adicionais, com exceção do usuário que comprove inviabilidade financeira.
Entretanto, o acesso à documentação original é proibido aos usuários, a menos que sejam casos justificados, e aconteça em sala de atendimento ao público dos Serviços de Arquivo da Funai, em data e horário previamente agendados e acompanhados por um servidor.
Além disso, a Funai promoveu em janeiro uma oficina de gestão documental para servidores do Ministério dos Povos Indígenas, com a participação do Ministério da Gestão e da Inovação em Serviços Públicos e do Arquivo Nacional. Isso representa um esforço da instituição para garantir a preservação e o acesso ao patrimônio histórico e cultural dos povos indígenas do Brasil.
