Os fugitivos foram detidos juntamente com outras quatro pessoas, além da apreensão de um fuzil e aparelhos celulares durante a operação de captura. Em uma entrevista coletiva, o ministro da Justiça e Segurança Pública, Ricardo Lewandowski, destacou a colaboração de criminosos ligados às mesmas facções dos fugitivos durante os 50 dias em que permaneceram em fuga.
A ação de recaptura envolveu a utilização da inteligência, resultando na prisão de 14 pessoas envolvidas no caso e na localização e prisão dos fugitivos a 1,6 mil km de distância do local da fuga.
Lewandowski já havia afastado o diretor da Penitenciária de Mossoró desde o dia em que a fuga dos detentos se tornou pública, sendo substituído pelo ex-diretor da Penitenciária Federal de Catanduvas, no Paraná, Carlos Luis Vieira Pires, como interventor.
A fuga dos detentos chamou a atenção por ser a primeira registrada no sistema penitenciário federal desde sua criação em 2006. A rede de presídios de segurança máxima, coordenada pela Secretaria Nacional de Políticas Penais (Senappen), do Ministério da Justiça e Segurança Pública, possui protocolos e sistemas de vigilância avançados.
As investigações indicaram que a fuga de Mendonça e Nascimento da Penitenciária de Mossoró ocorreu através do uso de ferramentas disponibilizadas para uma obra de reforma na unidade. A corregedoria-geral da Senappen informou que não foram encontrados indícios de corrupção na fuga e instaurou três Processos Administrativos Disciplinares para corrigir eventuais infrações entre os servidores da unidade.
