O aeroporto teve suas operações suspensas em 3 de maio em decorrência dos alagamentos que afetaram não só as pistas de pouso e decolagem, mas também o saguão de passageiros. A concessionária Fraport Brasil, responsável pelo Salgado Filho, informou que o aeroporto continuará fechado pelo menos até dezembro. Para a realização da operação de retirada das aeronaves, foi necessário o cumprimento de um termo de responsabilidade por parte das empresas e indivíduos responsáveis pelos aviões, além da autorização especial da Anac.
As aeronaves serão removidas em horários previamente determinados pela Fraport Brasil em conjunto com o serviço de tráfego aéreo, conforme informado pela Anac. A agência ressaltou que a suspensão das operações do aeroporto afetará voos comerciais com passageiros, não permitindo a liberação para esse tipo de operação. Enquanto os trabalhos de limpeza das instalações do aeroporto já começaram após o recuo das águas do rio Guaíba, a Fraport Brasil está realizando testes e sondagens para averiguar a resistência do solo, os quais devem durar pelo menos 45 dias.
Desde o final do mês de maio, voos comerciais estão autorizados a operar a partir da Base Aérea de Canoas, localizada na região metropolitana de Porto Alegre. Com a previsão de reabertura do Aeroporto Salgado Filho apenas na segunda quinzena de dezembro, a situação de deslocamento de aeronaves em caráter excepcional se mantém como uma necessidade fundamental para amenizar os impactos das fortes chuvas na região.