Os desembargadores eram suspeitos de não cumprir ordens judiciais do Supremo Tribunal Federal (STF) no desenrolar dos casos relacionados à operação investigativa. Em junho, foi instaurado um processo administrativo disciplinar (PAD) para averiguar essas supostas violações, com base em indícios apontados pelo corregedor nacional de Justiça, Luís Felipe Salomão.
O relator do PAD, conselheiro Luiz Fernando Bandeira de Mello, apresentou uma questão de ordem defendendo a volta dos desembargadores às suas funções. A proposta foi analisada no plenário virtual do CNJ e aprovada de maneira unânime.
Um dos fatores que contribuíram para a decisão de reintegração foi a ocorrência de “fatos novos”, sobretudo o desastre climático e a calamidade pública que assolam o estado do Rio Grande do Sul, onde está localizada a sede do TRF4, em Porto Alegre. Bandeira de Mello ressaltou que a sede do tribunal sofreu danos extensos em decorrência de alagamentos, gerando desativação dos sistemas eletrônicos e suspensão de prazos processuais, impossibilitando o funcionamento normal da Justiça Federal na região.
O conselheiro argumentou que todas as investigações já foram conduzidas, incluindo a coleta de depoimentos de servidores dos gabinetes dos magistrados sob suspeita, sem a interferência destes, o que eliminaria o risco de interferência nas investigações.
Além dos desembargadores Thompson Flores e Loraci Flores de Lima, os juízes Danilo Pereira e Gabriela Hardt, que atuaram na Lava Jato como parte da 13ª Vara Federal em Curitiba, também estão sob investigação no âmbito do PAD.