O Conjunto Arquitetônico, Histórico e Paisagístico da Fortaleza de São João é composto por várias edificações auxiliares de defesa, como o Forte São José, o Reduto São Teodósio, a Bateria do Pau do Bandeira, entre outros. Todo esse conjunto será inscrito no Livro do Tombo Histórico, no Livro do Tombo de Belas Artes e no Livro de Tombo Paisagístico, Etnográfico e Arqueológico. Já as fortificações de Santa Cruz, Praia de Fora e Imbuhy abrangem 17 elementos, incluindo a conhecida Fortaleza de Santa Cruz, acervos de artilharia e a Capela de Santa Bárbara.
Além disso, os elementos do esquema defensivo extramuros e os fortes localizados nas proximidades também foram incluídos no tombamento. O conjunto será registrado em vários Livros do Tombo, como o Arqueológico, Etnográfico, Paisagístico, Histórico e de Belas Artes. Essa proteção se estende aos morros e praias associados, que fazem parte da paisagem de entrada da Baía de Guanabara.
No estado do Paraná, a Capela de Nossa Senhora da Conceição do Tamanduá, em Balsa Nova, também recebeu proteção definitiva. A igreja, seu acervo de bens móveis e integrados e o bosque ao redor foram tombados e serão registrados nos Livros do Tombo Histórico, Arqueológico, Etnográfico, Paisagístico e de Belas Artes.
O presidente do Iphan, Leandro Grass, destacou a importância desses espaços para a mobilização da comunidade e o desenvolvimento do território. Ele ressaltou que esses patrimônios têm o potencial de garantir direitos, promover oportunidades econômicas e culturais e dialogar com a memória militar e a história da região.