Essa constatação foi possível graças aos registros da Força Aérea Brasileira (FAB), que mostram que Bolsonaro voou de São Paulo para Brasília um dia antes da suposta vacinação e não fez nenhum outro voo até pelo menos 22 de julho de 2021. Em depoimentos, funcionários da UBS confirmaram não terem visto Bolsonaro no local na data informada e negaram ter recebido pedidos para registrar a imunização. Até a enfermeira indicada no cartão de vacinação negou o procedimento e comprovou, por meio de documentos, que não trabalhava mais na UBS na data em questão.
Diante desses fatos, a CGU concluiu que a fraude ocorreu no sistema estadual. Todos os funcionários da UBS compartilhavam o mesmo login e senha do sistema VaciVida, mantido pela Secretaria Estadual de Saúde de São Paulo, o que levantou suspeitas sobre a segurança do sistema. A CGU recomendou o arquivamento do caso, mas enviará os resultados das investigações às autoridades do estado e do município de São Paulo para a adoção das providências cabíveis.
Além disso, esse não foi o único registro de vacinação contra a covid-19 atribuído a Bolsonaro. Outros dois registros, que teriam ocorrido em Duque de Caxias (RJ), foram efetuados por agentes municipais e cancelados antes da investigação da CGU. As suspeitas de um esquema de fraude em cartões de vacinação levaram à Operação Venire da Polícia Federal, que resultou na prisão do tenente-coronel Mauro Cid, ex-ajudante de ordens da Presidência da República.
Diante disso, a defesa de Bolsonaro afirmou não haver provas suficientes de envolvimento direto do ex-presidente no caso. Em depoimento à Polícia Federal em maio do ano passado, Bolsonaro afirmou estar à disposição da Justiça e negou ter fornecido quaisquer orientações a subordinados para mudar seus registros de vacinação. A CGU também fez diligências no Ministério da Saúde e confirmou a segurança do sistema mantido pela pasta para recebimento das informações enviadas pelos estados e pelos municípios, com a impossibilidade de os dados terem sido inseridos em nível federal. Os auditores não encontraram suspeitas de que algum servidor público federal tenha alterado os dados.
A investigação concluiu que o registro de imunização contra a covid-19 no cartão de vacinação de Bolsonaro é falso e que a fraude ocorreu no sistema estadual paulista. Essa constatação gerou dúvidas sobre a segurança do sistema VaciVida, mantido pela Secretaria Estadual de Saúde de São Paulo, e levou à recomendação de envio dos resultados das investigações às autoridades do estado e do município de São Paulo para a adoção das providências corretas.