Fernanda foi arrolada pela Procuradoria-Geral da República (PGR) como testemunha na ação penal que investiga o assassinato da vereadora e de Anderson Gomes. Além de Lessa, também são réus nesse processo o conselheiro do Tribunal de Contas do Rio de Janeiro Domingos Brazão, seu irmão Chiquinho Brazão, o deputado federal sem partido (RJ) Chiquinho Brazão, o ex-chefe da Polícia Civil Rivaldo Barbosa e o major da Polícia Militar Ronald Paulo de Alves Pereira. Todos os acusados estão detidos e respondem por homicídio e organização criminosa.
Durante seu depoimento, Fernanda descreveu os momentos que antecederam o crime, destacando que Marielle a protegeu dos disparos, o que evitou que ela fosse atingida. A ex-assessora também relatou o momento em que Anderson Gomes foi atingido e sua reação diante do ataque.
A testemunha também comentou sobre o trabalho da vereadora em defesa de pautas de habitação em áreas da zona oeste do Rio de Janeiro controladas por milícias. Ela afirmou que Marielle realizou agendas nessas regiões e tratou do tema com a Defensoria Pública.
Segundo a Polícia Federal, o assassinato de Marielle e Anderson foi encomendado pelos irmãos Brazão e por Rivaldo Barbosa, com o objetivo de proteger interesses econômicos ligados às milícias e silenciar a atuação política de Marielle. Essas informações foram obtidas através da delação premiada de Ronnie Lessa.
A ação penal conta com 70 testemunhas de defesa, e os depoimentos dos réus estão previstos para ocorrer no fim do processo. Durante o julgamento que os tornou réus, as defesas dos acusados negaram qualquer participação nos homicídios da vereadora e seu motorista.