No entanto, as investigações da PF indicam que Martins é um dos responsáveis pela elaboração da minuta de golpe de Estado produzida no final do governo Bolsonaro. Em função dessas investigações, o ex-assessor encontra-se preso desde 8 de fevereiro. Mesmo diante das acusações, Martins nega sua participação na elaboração do golpe e se defende alegando seu paradeiro no período em questão.
O ministro Alexandre de Moraes, relator das investigações, pediu ao Aeroporto de Brasília imagens do embarque de Filipe Martins e informações sobre o voo à companhia Latam. A suspeita é de que Martins tenha saído do país no avião presidencial com Bolsonaro rumo a Orlando, nos Estados Unidos, nos últimos dias de mandato do ex-presidente.
Diante das acusações e investigações em curso, a defesa de Filipe Martins enviou um comprovante de embarque no dia indicado no depoimento, buscando comprovar sua versão dos fatos. O caso segue em andamento, com autoridades e investigadores buscando esclarecer a verdade por trás dos acontecimentos relacionados ao suposto golpe de Estado.
